閹黨阮大鋮與鳳陽(yáng)總督馬士英密謀此事，阮大鋮建議立福王朱由崧。其時(shí)福王有昏庸之名，但是阮大鋮、馬士英認(rèn)為這樣的皇帝容易控制，于是就聯(lián)絡(luò)總兵黃得功、劉良佐、高杰、劉澤清等實(shí)力派，宣布擁立福王。
兵部尚書(shū)史可法認(rèn)為立福王有“七不可”，即貪、淫、酗酒、不孝、虞下、不讀書(shū)、干預(yù)有司，這種五毒俱全的人作了皇帝定會(huì)誤國(guó)誤民。
然而，福王朱由崧被馬士英等人早早迎入南京，史可法與高弘圖無(wú)奈，也只得加入了奉迎的行列。
南明控制的區(qū)域，東自黃河下游以南，西迄武昌長(zhǎng)江以南，其物力、財(cái)賦、人力也比清廷所控制地區(qū)雄厚。
當(dāng)時(shí)南明設(shè)江北四鎮(zhèn)，共擁兵三十萬(wàn)。武昌的寧甫侯左良玉，擁兵二十萬(wàn)。
福王繼位后，組成了東林黨和閹黨混合的內(nèi)閣，閹黨因?yàn)閾泶饔泄Γ莆粘?quán)力，竭力排擠，打擊東林黨人，史可法受排擠，離開(kāi)南京，督師揚(yáng)州，高弘圖被迫辭職。
阮大鋮入朝后，任兵部尚書(shū)，借作“順案”之名，恢復(fù)了特務(wù)機(jī)構(gòu)東廠，處死了東林黨和復(fù)社人士。史可法曾上書(shū)要求給士兵加餉，然而馬士英卻將奏折扣下，將史可法的士兵的薪水全扣了下來(lái)。當(dāng)時(shí)眾將慫恿史可法反南京，以“清君側(cè)”為名，將馬士英殺掉，但史可法以大局著想，沒(méi)有同意。
朱由崧在政治上毫無(wú)作為，生活上荒淫透頂，政事全委托給馬士英處理。
皇帝如此，大臣們也不遜色。將領(lǐng)們一樣只知道吃喝玩樂(lè)，對(duì)目前的現(xiàn)狀毫無(wú)了解。
江北四鎮(zhèn)中，二劉之兵皆“虛夸不中用”，惟高杰兵戰(zhàn)斗力強(qiáng)。高杰兇悍桀驁，卻毅然拒絕清肅王“大者王，小者侯，世世茅土”的誘降，疏請(qǐng)以己重兵駐歸德，冒大雪，沿黃河筑墻，專(zhuān)力防御清兵，并聯(lián)絡(luò)河南睢州總兵許定國(guó)“以奠中原”。不料許定國(guó)暗通清兵，設(shè)計(jì)于酒后謀害了高杰，渡河降清，并引清兵至儀封。
就在清兵迅速南下，形勢(shì)危急之際，擁有數(shù)十萬(wàn)重兵、鎮(zhèn)守武昌的左良玉，發(fā)兵南下，要“清君側(cè)”、“除馬阮”。馬士英卻公然提出：“寧可君臣皆死于大清，不可死于左良玉之手”。當(dāng)時(shí)有人抗言：“淮揚(yáng)最急，應(yīng)亟防御。”馬士英命令“有議守淮者斬”，朝議之后，竟詔史可法盡撤江防之兵以防左。
史可法扼守?fù)P州，以身殉國(guó)。他的頑強(qiáng)抵抗招致滿清的“揚(yáng)州十日”大屠殺。
孫可望后期的飛揚(yáng)跋扈，最終導(dǎo)致眾叛親離，賣(mài)身投靠。
鄭成功有大志、有軍事才能，卻私心自用，斷送華南抗清大業(yè)。之后退守臺(tái)灣，一心守護(hù)自己鄭家的地盤(pán)。
明清之際優(yōu)秀軍事家李定國(guó)也是悲劇，出滇抗清前期遭孫可望妒恨，無(wú)法在兩湖、江西戰(zhàn)場(chǎng)上施展雄才大略；中期寄厚望于鄭成功連兵粵、閩，會(huì)師北上，得到的卻是鄭的虛應(yīng)，結(jié)果導(dǎo)致喪師失地，南明中興從此無(wú)望，最后只好死而后已。
整個(gè)南明前期是建立在錯(cuò)誤估計(jì)形勢(shì)上的，朝廷加上繼承了昏庸腐朽的傳統(tǒng)，導(dǎo)致了這樣的結(jié)果。后期南明團(tuán)結(jié)了幾十萬(wàn)大順軍、張獻(xiàn)忠的戰(zhàn)敗部隊(duì)，提出反清復(fù)明的口號(hào)，共同對(duì)付清兵。但是大勢(shì)已去，各個(gè)將領(lǐng)各自為政，沒(méi)有任何政改吏治，既不得民心，又沒(méi)有軍心，被吳三桂各個(gè)擊破。
南明前期的戰(zhàn)略很重要，當(dāng)時(shí)滿清剛進(jìn)入北京，政權(quán)不穩(wěn)，而且準(zhǔn)備也不足，南明有足夠的實(shí)力收復(fù)北京。但是南明面臨滿清這樣的強(qiáng)敵無(wú)動(dòng)于衷，認(rèn)知上出現(xiàn)方向性錯(cuò)誤。一直以李自成為敵人，認(rèn)為吳三桂攜清兵入關(guān)是救了明朝的江山，以滿清為友，打如意算盤(pán)，想和滿清共同討賊，圖謀劃江而治的天真戰(zhàn)略。后來(lái)清兵兵臨城下，滿清早已穩(wěn)定北方，只要不出現(xiàn)戰(zhàn)略的重大錯(cuò)誤，南明的滅亡已經(jīng)是無(wú)可避免，更何況南明一直應(yīng)對(duì)失策，回天乏術(shù)。此長(zhǎng)彼消之下，南明之亡毫無(wú)懸念了。